Pentesterzy wspierają się różnymi narzędziami podczas audytu, aby oszczędzić czas i znaleźć możliwie największą liczbę błędów bezpieczeństwa. Niektórych czynności nie da się wykonać manualnie w racjonalnym czasie. Przykładem jest wykrywanie wszystkich podstron witryny. Istnieją płatne i darmowe narzędzia, które pozwalają na takie działania. Tworzone i aktywnie rozwijane są także skanery podatności, zawierające rozwiązania, które wspierają pentesting.